Наставно-научниот совет е највисок управен и стручен орган на Факултетот и го сочинуваат редовните и вонредните професори и доцентите во редовен работен однос на Факултетот.

Наставно-научниот совет ги има следниве задачи и овластувања:

1. се грижи за организирање и изведување на наставата и научно – истражувачката дејност и донесува соодветни одлуки за тоа;
2. расправа и донесува соодветни одлуки за унапредување на наставно – научната дејност;
3. се грижи за остварување и изработување на наставните и научните планови и програми;
4. донесува одлуки за распишување конкурс за избор на наставници и соработници;
5. врши избор на декан, продекан, наставници и соработници, за што ги известува Сенатот и САС;
6. избира член во Универзитетскиот сенат;
7. предлага број на студенти кои се запишуваат на прв и втор циклус на студии;
8. предлага воведување на партиципација на трошоците за студирање;
9. врши избор на секретар на Факултетот по пат на конкурс;
10. ја спроведува постапката за здобивање со магистратура како и здобивање со титулата доктор по богословски науки, а одлучува и за доделување на титулата почесен доктор по богословски науки;
11. врши избор на стручни соработници, виши стручни соработници, научни соработници и научни советници;
12. ја разгледува иницијативата за предвремен престанок на изборот во звање;
13. формира комисија за изготвување на реферат за предвремено престанување на изборот во звање;
14. избира членови на дисциплинската комисија за одговорност на студентите;
15. обезбедува замена на наставниците и соработниците кои користат платено, односно неплатено отсуство;
16. одлучува за внатрешните организациони единици на Факултетот;
17. формира рецензиони комисии за избор на наставници и соработници, како и за рецензирање на учебници и учебни помагала;
18. одлучува за поканување наставници, соработници и други работници од земјата и странство да држат предавања и да учествуваат во научно – истражувачка работа;
19. го разгледува прашањето за постледипломски студии;
20. расправа за наставните планови и програми за последипломска;
21. се грижи за издавање стручни и други списанија, а особено за издавање учебници и учебни помагала;
22. врши нострификација на дипломи добиени во странство и признава дипломи и испити положени на друг факултет;
23. по потреба врши избор на надворешни наставници;
24. го разгледува успехот на студентите и режимот на студирањето;
25. донесува Статут на Факултетот;
26. донесува финансиска пресметка и усвојува завршна пресметка;
27. одлучува за организирање на научни собири, симпозиуми, советувања и слично;
28. одлучува за остварувањето на меѓународната соработка согласно со Статутот на Универзитетот;
29. по иницијатива на Наставно-научниот совет, Факултетот може да основа друга организација согласно со Уставот на Македонската православна црква и Статутот на Универзитетот;
30. врши и други работи.