Вториот циклус на студии се остварува согласно со закон, Статутот на Факултетот и Студиската програма на Факултетот за условите, критериумите и правилата за запишување и студирање на прв и на втор циклус на студии.

Студентите од втор циклус на студии имаат право да ги завршат започнатите студии според условите и студиската програма на која се запишале, најдолго во времето што е двапати подолго од пропишаното траење на студиите.

Доколку по истекот на рокот од претходниот став студентот не ги заврши студиите, со одлука на Факултетот се утврдуваат дополнителните услови и рокот за кој студентот може да ги заврши студиите.

Доколку по истекот на рокот настане измена на студиската програма, студентот може да ги продолжи студиите по изменетата студиска програма врз основа на општ акт на Факултетот.

Постапка за пријава, оценка и одбрана на магистерски труд

Магистерскиот труд е резултат на самостојна работа на студентот, со кој се систематизираат постојните научни знаења и се придонесува за нивниот натамошен развој.
Пријавата за изработување на магистерскиот труд се поднесува до Наставно–научниот совет по претходно дадено позитивно мислење од комисијата за втор циклус, по положувањето на предвидените испити.
Пријавата содржи: наслов на темата, образложение за научната оправданост на темата, план за работа и преглед на литературата.
По предлог на Наставно-научниот совет, односно комисијата, насловот на темата се определува во рамките на научната област на која се изведуваат магистерските студии, а го потврдува Наставно-научниот совет.
Насловот на темата може да биде предложен и од кандидатот во договор со менторот.
Одлука за определување на менторот, по предлог на комисијата за втор циклус, донесува Наставно-научниот совет.
Менторот се определува од наставно-научните и научните работници од потесната научна област од која е пријавен трудот.
По образложено барање на кандидатот или менторот, Наставно-научниот совет може да донесе одлука за промена на менторот.
Насловот на прифатениот магистерски труд се објавува во Билтенот на Универзитетот и на веб-страницата на Факултетот, на македонски и на англиски јазик.
По завршувањето на менторската фаза, односно по изработката на трудот, студентот доставува пет примероци од магистерскиот труд, со барање да му се формира комисија за одбрана.
По образложен предлог на менторот за завршена менторска фаза, Наставно-научниот, совет формира комисија за оценка на магистерскиот труд од три члена, во рок од 45 дена од денот на доставувањето на трудот.
Комисијата за оценка на магистерскиот труд е должна да го прегледа трудот и на студентот писмено да му ги достави евентуалните забелешки, во рок од 3 месеци од денот на предавањето на трудот.
Комисијата може да му го врати на кандидатот трудот со забелешките најмногу двапати и да му определи, во рок од најмногу три месеци, да постапи по нив.
Студентот брани магистерски труд најдоцна во рок од една година од денот на одобрување на темата на магистерскиот труд.
По барање на студентот, Факултетот може да одобри продолжување на рокот за одбрана на магистерскиот труд, за времето додека траеле причините за спреченост за работа на магистерскиот труд. По истекот на овој рок, студентот губи право да го брани пријавениот магистерски труд.
Комисијата изготвува извештај во кој дава оценка и образложение на трудот, најдоцна во рок од 3 месеци од денот на предавањето на трудот.
Извештајот се доставува до Наставно-научниот совет.
По усвојувањето на извештајот, Наставно-научниот совет формира комисија за одбрана и го определува денот на одбраната, во рок од 15 дена од прифаќањето на извештајот.
Членовите на комисијата за оценка на магистерскиот труд можат да бидат и членови на комисијата за одбрана.
Кандидатот писмено се известува за денот на одбраната.
Одбраната на трудот е јавна и се објавува на огласната табла на Факултетот, најмалку 7 дена пред денот на одбраната.
По завршувањето на одбраната на трудот, комисијата за одбрана на трудот јавно ја соопштува оценката на одбраната на магистерскиот труд.
Оценувањето се врши со две описни оценки: го одбранил магистерскиот труд и не го одбранил магистерскиот труд.
За текот на одбраната се води записник во кој се внесува оценката.
Записникот го потпишуваат членовите на комисијата.